สำนักงานตรวจสอบภายในตั้งขึ้นโดยประกาศของมหาวิทยาลัยตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยมาตรา 9 วรรคสอง มาตรา 19 (2) (4) และมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่10/2544 เมื่อวันที่ 26 ธันวาคม 2544 ประกาศให้
ข้อ 1 จัดตั้งสำนักงานตรวจสอบภายใน สังกัดสภามหาวิทยาลัย มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย และให้มีอำนาจหน้าที่ตามที่สภามหาวิทยาลัยกำหนด
ข้อ 2 ให้อธิการบดีมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยรักษาการ