สำนักงานตรวจสอบภายในตั้งขึ้นโดยประกาศของมหาวิทยาลัยตามพระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยมาตรา 9 วรรคสอง  มาตรา  19 (2) (4)  และมติที่ประชุมสภามหาวิทยาลัย  ครั้งที่10/2544  เมื่อวันที่  26  ธันวาคม  2544  ประกาศให้

          ข้อ 1  จัดตั้งสำนักงานตรวจสอบภายใน  สังกัดสภามหาวิทยาลัย  มหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัย  และให้มีอำนาจหน้าที่ตามที่สภามหาวิทยาลัยกำหนด

          ข้อ 2  ให้อธิการบดีมหาวิทยาลัยมหามกุฏราชวิทยาลัยรักษาการ